Los malos resultados persistieron incluido un inoperante camiseta de futbol 2024 fútbol. En este torneo Municipal mejoró sus resultados respecto al anterior, finalizando segundo en la clasificación general y accediendo directamente a semifinales; en las semifinales fue eliminado por Comunicaciones, con un resultado de 2-2 en el global, pero prevaleciendo el gol de visitante anotado por Comunicaciones en el juego de vuelta. Municipal fue finalista ante el cuadro de Antigua GFC, con quien igualó en 2-2 en la serie, pero cayó derrotado en la tanda de disparos desde el punto penal; este sería el décimo torneo consecutivo en el que los escarlatas no lograban alcanzar el título. Su victoria ante Comunicaciones en el Clásico 307 le valió para ganarse la confianza de la directiva y para ser confirmado como técnico del cuadro rojo. Semanas después, la directiva del club nombra como entrenador por segunda ocasión al argentino Enzo Trossero, quien ya había tenido una época gloriosa con el equipo logrando un pentacampeonato. Para el Apertura 2015, la junta directiva presenta al costarricense Mauricio Wright, quien no logró los resultados esperados y fue destituido antes de finalizar el torneo; Municipal finalizó el torneo dirigido por el entrenador de fuerzas básicas, Gustavo Machaín, finalizando séptimo el la clasificación general y quedando al margen de disputa por el título.
Para el Apertura 2013, mejora sustancialmente el rendimiento del equipo, especialmente en calidad de local, donde llegan a ganar 13 juegos seguidos como locales y se convierten en el conjunto más goleador en casa, así como la mejor defensa del torneo. En la era de Olsen como entrenador, su gran experiencia en el Ajax Ámsterdam fue trasladado a la selección nacional como táctica de Dinamarca que pasó de la formación 4-4-2 practicada por Bo Johansson a un estilo aún más ofensivo, con énfasis en los extremos rápidos disponibles para él en ese momento, Jesper Grønkjær y Dennis Rommedahl. Ese mismo día se oficializó la no continuidad en la institución roja de Marco Pablo Pappa. Es de resaltar que para este torneo, el club contaba en sus filas con uno de los jugadores con más técnica: Marco Pappa. En este torneo, el equipo volvió a ganar el Clásico Chapín después de varios años de no hacerlo, con gol de Marco Ciani a falta de 3 minutos del final, futbol camisetas siendo este el primer clásico realizado en el Manuel Felipe Carrera. 13 años en la categoría. Destaca en la historia del club Amanda Sampedro, la jugadora que más partidos ha jugado, debutó a los 14 años y disputó más de 440 partidos entre 2007 y 2022. En la faceta goleadora destaca Priscila Borja, con 99 goles según las bases de datos o 107 según el club en 207 o 208 partidos, repartidos en siete temporadas entre 2009 y 2017, con un paréntesis de una temporada en la que jugó en el Rayo Vallecano.
A pesar de que el exentrenador del Herediano y Saprissa de Costa Rica debutó con un triunfo por la mínima diferencia de visita contra Petapa en la primera fecha, tuvo un torneo muy irregular, que incluyó una racha de siete partidos sin ganar -de la fecha 14 a la 20-, donde acumuló seis derrotas -cuatro de local- y un empate. El Torneo Apertura 2016 marcó una nueva frustración para Municipal, pues a pesar de finalizar primero en la tabla general y haber logrado dos victorias ante el rival de siempre, no logró hacerse con la corona. Para el torneo Apertura 2012, nuevamente llega a la final enfrentándose a su histórico rival Comunicaciones, en el primer partido jugando el 14 de diciembre en el Estadio Mateo Flores cae derrotado 0 a 3, y en el partido de vuelta jugado el 17 de diciembre en el Estadio Cementos Progreso, cae nuevamente con marcador de 0 a 1, con un autogol de Alvizuris, por lo que nuevamente se queda con el subcampeonato. Entre los momentos de esta edición, el partido entre Italia y Brasil (3:2) celebrado en el estadio de Sarriá sigue siendo recordado como uno de los mejores que se hayan disputado en la historia de la Copa Mundial.
Aunque a nivel de selección, fueron los veteranos que comandaron con su experiencia a la selección canalera que clasificó a su primera participación en la Copa Mundial de Fútbol. En 2005 se cambia el orden de los torneos, pasando a disputarse el Apertura en la segunda del año y el Clausura en la primera mitad del año siguiente, de forma de acompasar la temporada al calendario europeo. En contra de todo pronóstico, Municipal alcanzó su título 31 de Liga Nacional en el Torneo Apertura 2019 (Guatemala) al mando de Sebastián Bini. Debido a esto, el técnico Ruiz es destituido y llegaría el uruguayo Manuel Keosseian para el Apertura 2014, quien fracasaría en este torneo y también sería despedido. A los días es presentado ante la prensa para hacer públicamente su renuncia como director técnico por motivos de salud. Sin embargo, luego de empatar a un gol de locales, perderían el partido de vuelta por dos goles a uno ante el equipo colonial de Antigua GFC. ↑ «Mazazo en Tenerife con un gol para la esperanza. ↑ «Las claves de la crisis del VCF». ↑ «Jesús Núñez, nuevo entrenador del Atlético de Madrid féminas».