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En la Liga 1993-94 el Albacete logra conseguir la decimotercera plaza al cosechar 35 puntos, camiseta del inter de milán y mantenerse en la máxima categoría del fútbol español. El Albacete Balompié compite en la temporada 2014-15 en la Segunda División del fútbol español con el objetivo de mantener la categoría. En la Copa del Rey de dicha temporada dio una de las grandes sorpresas, llegando a los octavos de final tras eliminar al Atlético de Madrid después de vencer 2-1 en casa y dar la campanada ganando 0-1 en el Vicente Calderón, hecho que provocaría la llegada al banquillo colchonero de Diego Pablo Simeone. Entre los jugadores de la plantilla que consiguen este puesto destacan, además de los que cosecharon el ascenso, el portero Manuel Almunia, el albaceteño Pablo Ibáñez, Carlos Aranda, Gustavo Siviero o Antonio Pacheco, futbol camisetas una plantilla formada por 29 jugadores de cuatro nacionalidades diferentes. Nuevamente en junio de 2013 Andrés Iniesta evita el descenso de categoría del club al adelantar los 240.000 euros que el club adeudaba a los jugadores.

En diciembre de 2011 Andrés Iniesta, canterano del ‘Alba’ y entonces jugador del Fútbol Club Barcelona, se convirtió en el máximo accionista del club tras adquirir 7000 acciones, operación valorada en 420 000 euros. El 6 de diciembre se anunciaron los 3 finalistas del galardón: Iniesta, Xavi y Messi. Finalmente, y tras una temporada muy trabajada en la temporada 2002-03, el Albacete Balompié logra hacerse con la tercera plaza de la categoría (71 puntos conseguidos en 17 partidos ganados, 20 empates y solo 5 derrotas) y consigue automáticamente el ascenso a la Primera División de la mano del técnico valenciano César Ferrando. En la primera rueda perdió tres partidos contra San Lorenzo (2:5), River Plate (1:3) y Huracán (1:3), quedando a seis puntos de la punta. El jugador con más partidos disputados en la historia del club es el francés Jean-Luc Ettori, con 755 apariciones. En la campaña 2012-13, el club será encuadrado en el Grupo IV, y logrará la tercera plaza del grupo, lo cual le permitirá acceder a la promoción a Segunda División. Pero nuevamente en la siguiente temporada, la 1994-95, el equipo no logra pasar de la decimoséptima plaza de la Liga y debe disputar la promoción por la permanencia ante la U.D.

En la temporada 2009-10 el equipo logra la permanencia en el último encuentro, aunque su jugador Christian Stuani lograra el segundo puesto en la clasificación de goleadores con 22 tantos, los tres cambios en el banquillo local marcarán la temporada y la crisis deportiva (fueron entrenadores del Albacete Balompié: José Murcia, Julián Rubio y David Vidal). A pesar de ello, el Albacete Balompié no aprovecha la oportunidad y termina la temporada como vigésimo clasificado, disputando y perdiendo la promoción por la permanencia ante el C.F. Tras el éxito cosechado, el entrenador asturiano Benito Floro dirigirá una plantilla mítica en la historia del club, que de la mano del jugador albaceteño «Catali», Zalazar o Coco (entre otros) lograrán el ascenso a la Primera División en la temporada 1990-91, una categoría nunca alcanzada con anterioridad. Tras estos importantes logros, en la temporada 1985-86 solo se consigue el decimoséptimo puesto, lo cual implica un nuevo descenso a la Segunda División B, categoría que se mantendrá hasta que en la temporada 1989-90 se consiga el ascenso a la Segunda División de la mano de Benito Floro como entrenador.

Tras el descenso a Segunda División, en la temporada 1996-97 el equipo logra la cuarta plaza de la clasificación con 66 puntos y 19 encuentros ganados, la más alta de lo que resta de década de los noventa. Al iniciarse el nuevo siglo, el equipo cosechará un buen resultado, terminando quinto en la temporada 2000-01 y buena imagen de juego, aunque nuevamente en la temporada 2001-02 de la división de plata, la entidad castellano-manchega volverá a los puestos medios (décima posición). En marzo de 2013, Aurelio Milla dimite como presidente, por razones personales relacionadas con sus empresas, y asume el cargo de Presidente de la entidad el hasta entonces vicepresidente, Agustín Lázaro, quien sería el encargado de negociar y gestionar la precaria situación del club. Durante este periodo, asumiría el cargo de presidente Vicente Ferrer de la Rosa, quien ha estado al servicio del club más de 37 años. Además, importantes jugadores como Ismael Urzaiz o Julio Soler militaron en el equipo durante la competición. Tras el descenso de categoría, el Albacete Balompié se encuadrará en el Grupo I durante la temporada 2011-12, en la que logrará el cuarto puesto, disputando la promoción de ascenso a Segunda División, aunque tras solventar la primera fase, caerá en los penaltis ante el Cádiz C. F..